De-a lungul timpului, staţiunea Vadul lui Vodă a fost sub ape de nenumărate ori. Cele mai devastatoare inundaţii au avut loc în anii 1969, 1980 şi 1996. Ultima dată, plaja a ajuns sub ape în iulie 2008. Atunci, ploile abundente au dus la creşterea nivelului apei în râul Nistru cu 20 de metri.

Apa a pătruns în 77 dintre cele 86 tabere de vară. Totalul daunelor a depăşit 11 milioane de lei. Conductele de gaz şi liniile telefonice au fost deteriorate parţial sau în întregime. Toate plajele, amenajate chiar în 2008, au fost spălate de ape. De asemenea, şi gospodăriile şi staţia de epurare au fost înnămolite.

Inundaţiile au provocat daune şi la staţia de pompare a apei. Aproximativ 50 de copaci s-au prăbuşit atunci şi au rupt o parte din firele electrice. Sub ape s-a pomenit şi Centrul de pregătire a selecţionatelor de fotbal a Moldovei. Potrivit specialiştilor, dacă situaţia nu se va schimba, peste 10-15 ani staţiunea Vadul lui Vodă se poate transforma în mlaştină. În prezent parcul se află în gestiunea primăriei capitalei. Staţiunea Vadul lui Vodă se află pe teritoriul parcului Dnestrovsk şi ocupă o suprafaţă de aproximativ 500 de hectare.

De ani de zile cea mai mare problemă din zonă rămâne evacuarea apelor reziduale, care se adună în parc în urma ploilor. Anterior aici au existat canale de scurgere, însă după anii '90 nu au mai fost curăţate şi s-au înnămolit. Astfel apele reziduale se adună în pădure, ceea ce afectează flora şi fauna din zonă.