Din 1990, când a fost instituită funcţia de preşedinte al Republicii Moldova, legislaţia privind alegerea şefului statului a fost modificată de câteva ori. Iniţial, preşedintele era ales prin vot direct de către cetăţeni. Începând cu anul 2000, după o reformă constituţională, Parlamentul desemnează şeful statului.

Funcţia de Preşedinte al fostei Republici Sovietice Socialiste Moldoveneşti a fost instituită în 1990 de către Sovietul Suprem. Primul şef al statului astfel ales pentru un un mandat de cinci ani a fost Mircea Snegur, în 1990. Un an mai târziu, Republica Moldova şi-a proclamat independenţa, iar Snegur a fost reales.

Pe 29 iulie 1994 a fost adoptată o nouă Constituţie, potrivit căreia, durata mandatului preşedintelui a fost redusă de la 5 la 4 ani. În anul 2000 s-a decis ca şeful statului să fie ales prin vot secret, de către Parlament. Pentru aceasta este nevoie de votul a cel puţin 61 de deputaţi sau a trei cincimi din numărul de legislatori. Dacă procedura eşuează, este organizat alt tur de scrutin la care participă primii doi clasaţi. În cazul în care niciunul nu acumulează necesarul de voturi, preşedintele dizolvă Parlamentul, dar o singură dată într-un an. Alegerile repetate au loc în cel mult 30 de zile.